蛋白測定分析儀基本結構同普通HPLC相似，但針對氨基酸分析進行了細節優化。

　　通常細分為兩種系統：蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離氨基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統一次多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。

　　分析效果：從目前已知的氨基酸分析方法比較來看，除靈敏度（即低檢測限）比HPLC柱前衍生方法稍低以外，其他如分離度、重現性、操作簡便性、運行成本等方面，都優于其他分析方法。

　　1.提供DNA/RNA和蛋白質化學260/280 260/230，對基因及蛋白樣品的定量分析十分理想，在PCR前的鑒定實驗及PCR擴增成功性的評估，DNA克隆及測序，蛋白分析及細胞生長檢測等方面性能

　　2.氙燈3年壽命保證，氙大于40%能量被用于400nm以下，大強度在260nm，紫外光區能量比白光區能量強5-10倍，在蛋白多肽及DNA研究中能更好標出噪音比率

　　3.為B.C.A.，Bradford，Lowry和直接測量方式而設定的標準預設程序參數

　　4.理想監測600nm比色池的發展變化,一個簡單的按鍵控制所有操作模式

　　5.直接讀出dsDNA，ssDNA，RNA和核苷酸的純度分析

　　6.可使用其他波長和配件用于進行其他化學分析

　　7.清晰顯示標準、校準曲線和統計數據讀數,校調曲線的貯存

　　8.預設程序且用戶可選擇吸光度比率,純度掃描模式

　　9.菜單式鍵盤使操作簡單快捷

　　10.外觀設計緊湊，節省實驗室空間